ETS 2 obejmie emisje wynikające ze spalania paliw w budynkach, transporcie drogowym oraz w małych zakładach przemysłowych, które dotychczas nie były objęte ETS. W przeciwieństwie do pierwotnego systemu, ETS 2 będzie działał na zasadzie upstream, co oznacza, iż obowiązek raportowania emisji i zakupu uprawnień spadnie na dostawców paliw, a nie na końcowych użytkowników. To podejście ma na celu uproszczenie administracyjne oraz zwiększenie skuteczności systemu poprzez objęcie większej liczby podmiotów odpowiedzialnych za emisje.